ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดปัตตานี ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม 2543 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งเมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 2543 เพื่อให้เป็นสถานศึกษาสำหรับให้บริการด้านการศึกษาแก่เด็กพิการในจังหวัดที่ไม่มีโรงเรียนเฉพาะความพิการในระยะแรกอยู่ในความดูแลของโรงเรียนโสตศึกษาจังหวัดสงขลา ซึ่งได้แต่งตั้ง ให้นายสุรัตน์  บุญฤทธิ์ อาจารย์ 2 ระดับ 7 โรงเรียนโสตศึกษาจังหวัดสงขลา มาปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดปัตตานี จนถึงวันที่ 27 ธันวาคม 2544  โดยตั้งสำนักงานชั่วคราวอยู่ที่โรงเรียนเบญจมราชูทิศ จังหวัดปัตตานี ต่อมาในวันที่ 29 เมษายน 2545 กรมสามัญศึกษาได้มีคำสั่งแต่งตั้งนายชาญชัย สุดใจ อาจารย์ 2 ระดับ 7 โรงเรียนคณะราษฎรบำรุง 2 มารักษาการในตำแหน่งหัวหน้าศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดปัตตานี และได้ขออนุญาตใช้อาคารสำนักงานสามัญศึกษาจังหวัดปัตตานี เป็นสำนักงานชั่วคราว

             ในปี พ.ศ. 2550 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดปัตตานี ได้รับอนุญาตให้ใช้สถานที่สาธารณประโยชน์ บริเวณหมู่ 6 ตำบลรูสะมิแล อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี เนื้อที่ 5 ไร่ 1 งาน 67 ตารางวา  เพื่อดำเนินการก่อสร้างอาคารและสิ่งก่อสร้างประกอบอื่นเป็นอาคารสำนักงานที่ถาวร และได้รับงบประมาณตามโครงการศูนย์บริการช่วยเหลือระยะแรกเริ่มและผู้ได้รับผลกระทบต่อเหตุการณ์ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ จากศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นเงินงบประมาณ 13,325,250 บาท (สิบสามล้านสามแสนสองหมื่นห้าพันสองร้อยห้าสิบบาทถ้วน) เพื่อก่อสร้างอาคารศูนย์การศึกษาพิเศษแบบมาตรฐาน สำหรับให้บริการฟื้นฟูเตรียมความพร้อมเด็กพิการในจังหวัดปัตตานี ต่อมาสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ ได้อนุมัติงบประมาณเพิ่มเติมในการก่อสร้างอาคารศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดแบบประหยัด รั้ว และงานผังบริเวณ ได้แก่ ป้อมยาม ถนน  โรงจอดรถ คูระบายน้ำ และ เสาธง และได้ย้ายสำนักงานมาเมื่อวันที่ 15 มกราคม 2552 ต่อมาสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานได้มีคำสั่งให้นายชาญชัย สุดใจ ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์ชัยนาท จังหวัดชัยนาท และได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้ นายสุรัตน์  บุญฤทธิ์ รองผู้อำนวยการโรงเรียนโสตศึกษาจังหวัดสงขลา มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดปัตตานี ตั้งแต่วันที่ 20 มกราคม 2552 จนถึงปัจจุบัน

             ตั้งแต่ปีงบประมาณ 2554 เป็นต้นมา สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ ได้อนุมัติงบประมาณก่อสร้างอาคารประกอบต่าง ๆ เช่น บ้านพักครูแบบแฟลต อาคารพยาบาล โรงอาบน้ำสำหรับคนพิการ และได้อนุมัติงบประมาณในการปรับปรุงต่อเติม ซ่อมแซม จนปัจจุบันศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดปัตตานี มีอาคารสถานที่ให้บริการนักเรียนพิการแบบไป – กลับ ทั้งที่อาคารสำนักงานศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดปัตตานี รวมทั้งหน่วยบริการทั้ง 12 อำเภอ ที่ได้รับความอนุเคราะห์จากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ชุมชน เพื่อให้เด็กพิการในวัยเรียนสามารถเข้าถึงบริการทางการศึกษาได้อย่างทั่วถึง ครอบคลุม และมีประสิทธิภาพ